某天于地球上空出现许多孢子，其中诞生的幼虫侵入人体后，可以吞噬掉宿主的头部取而代之，从而管理这个“死掉的身体”，它们能任意变形，其食物便是与寄生体相同的物种。男主角泉新一就是被寄生生物寄生的人类之一，但是由于某种意外，寄生在他体内的生物并没有吃掉他的大脑，而只是取代了他的右手。本性善良正直的泉新一没有被这突如其来的残酷命运击倒，为了被寄生兽杀死的亲友，以及所有人类的未来，他决心与其他完全体寄生兽进行殊死搏斗。

七濑武（宫野真守配音）是一名看似十分淡漠，内心里也却是冷若冰霜的少年。曾经不堪回首的往事让他选择封闭自己的内心，不透露出丝毫的感情。虽然一直克制着自己的情绪，但七濑武又时时能够感受到内心里还在燃烧的火焰。一次偶然中，七濑武在校园里遇见了一名昏倒在地上的少女，善良的七濑武将少女带到了保健室，得知她名叫相羽六（东山奈央配音）。让七濑武没有想到的是，他和相羽六的相遇彻底改变了自己的人生轨迹。相羽六在误打误撞之中将七濑武变为了魔法使。之后，七濑武的青梅竹马五十岛胡桃（濑户麻沙美配音）、同班同学伊田一三（铃村健一配音）和保健老师兵头七海等人纷纷拥有了能够使用魔法阵的能力。

　　故事发生在黑手党出没的意大利。表面上，“社会福祉公社”是一间专门收容孤苦少女的福利院，但在背地里，他们却以杀手为目标训练这些肢体残缺的女孩。他们将少女们洗脑后进行肢体改造和实战训练，经过改造的女孩们，成为了不折不扣的杀人兵器。其中，要数海瑞塔（南里侑香 配音）、莉可（三桥加奈子 配音）、崔耶拉（仙台惠理 配音）、克拉耶斯（小清水亚美 配音）和安琪莉可（寺门仁美 配音）五人最为优秀。每个少女都配有一个年长男性作为辅佐官照顾其生活起居。虽然身份是杀手，但她们对自己的辅佐官都有着深厚的信任和感情。　　少女们的敌人，是被称为“五共和国派”的恐怖组织，他们为了争取自由独立犯下了不择手段的罪行。少女们无法逃脱死亡的悲伤命运，残酷的战斗中，处处显现出这些无依无靠的“工具”们悲哀的身影。