《末日孤舰》第二季从治愈病毒和拯救人类的目标开始。海军上尉汤姆·钱德勒和他的船员们一起返回美国，并试图寻找幸存者和他们家人的下落。然而，他们才刚回到美国，就遭到了在艾米·格兰德森的领导下建立的世界新秩序形式的反对。更糟糕的是，他们还面临着一个危险的新敌人，这个敌人正在争夺控制权一心想要接管世界。

晴朗的一天，三年前痛失男友的珍娜（丝柯·泰勒-考普顿 Scout Taylor-Compton 饰）与好友瑞妮（克里斯蒂娜·尤罗尔 Christina Ulloa 饰）、迈克（迈克尔·科彭 Michael Copon 饰）以及新结识的帅气青年伊安（特拉维斯·范·文克 Travis Van Winkle 饰）前往某个乡村，参加当地举行的五月节。湖畔小屋，笑语欢歌，青年男女们纵情欢乐，只有珍娜强颜欢笑，似乎久久无法从三年前的惨剧中走出。随着夜幕降临，四人走入桑拿室，体会无上的蒸汽享受，而危机也正一步步向他们迫近。在此期间，迈克和瑞妮突然爆发争吵，前者夺门而出，大发雷霆，而瑞妮和珍娜、伊安稍后却发现，他们三人却被意外锁在桑拿室中。

写在牛仔裤上的女孩儿的情谊，婉转动听，异常温暖。

新任视察员雷蒙特和助手艾米奉命调查警察局内部一起贪污案时，发现了另一个更加隐秘的犯罪网，涉及到了声望很高的警官佩克。佩克实际上是个十分阴险的人，他一面与雷蒙特装作友好，一面又挑拨雷蒙特夫妻间的关系。调查中发现佩克有很多女人，且凡是与他交往密切的警察都很富有。被怀疑有贪污行为的斯德雷奇打电话给妻子彭妮，让她与雷蒙特做一笔交易，而此时彭妮正和佩克情意绵绵，佩克于是派人暗杀了斯德雷奇。实际上佩克一直在充当受雇杀手，就在他又去接受一起杀人买卖时，雷蒙特和艾米赶到现场，但未能抓到他。随后，他又杀死雇主，并到雷蒙特家中恐吓他妻子凯瑟琳，雷蒙特及时赶来，二人又展开一场拚杀。