汤姆·钱德勒放弃了他的英雄头衔和责任，在希腊的一个小渔村里与他的家人一起寻求安稳和平静。在美国宪法危机和钱德勒辞职16个月后，病毒又卷土重来，这一次病毒影响了世界上的粮食作物，使人类陷入饥荒。当内森·詹姆斯号穿越地中海，寻找拯救世界粮食供应的解决方案时，钱德勒也在希腊遇到了自己的敌人……

世界终于从致命的病毒中恢复过来，但全球政治动荡依然存在。在克服全球饥荒三年后，美国海军准备推出第一支功能齐全的舰队。汤姆·钱德勒已经退休，他以前的船员们也都分散了，许多人在海军中得到晋升。萨沙·库珀、丹尼·格林、沃夫·泰勒和阿齐玛·坎迪正在巴拿马执行秘密任务。一场可能会带来新一次世界大战的威胁正在悄悄逼近。

《末日孤舰》是一部改编自威廉姆·布林克利同名小说的美国末日题材科幻电视剧。一种传染力极强且致死率极高的瘟疫席卷全球，造成全球80%的人口死亡，各国政府陷入瘫痪，只有单独在北极圈内执行为期四个月任务的美国海军导弹驱逐舰内森·詹姆斯号（USS Nathan James）未受到影响。直到遭受到俄军袭击后，舰上的人员才发现原来随行的两名病毒学者的机密任务是收集造成瘟疫的的原始病毒株，借此开发疫苗挽救人类。于是船员必须与舰上的两名病毒学者Rachel Scott博士和Quincy Tophet博士配合，找出治愈瘟疫的方法来阻止这场人类浩劫......

《末日孤舰》第二季从治愈病毒和拯救人类的目标开始。海军上尉汤姆·钱德勒和他的船员们一起返回美国，并试图寻找幸存者和他们家人的下落。然而，他们才刚回到美国，就遭到了在艾米·格兰德森的领导下建立的世界新秩序形式的反对。更糟糕的是，他们还面临着一个危险的新敌人，这个敌人正在争夺控制权一心想要接管世界。