一辈子追捕哔哔鸟的歪心狼，次次行动都栽在ACME公司生产的坑爹道具手里，炸弹炸自己、弹簧弹飞自己，忙活半辈子没抓到猎物，还落得一身伤。忍无可忍的它找上落魄律师凯文·埃弗里，一纸诉状把ACME公司告上法庭，索要巨额赔偿。面对体量庞大的行业巨头，这场官司从一开始就乌龙不断。两人一边收集证据，一边深入 ACME 内部探秘，牵扯出更多离谱的公司秘密。一众经典乐一通角色纷纷登场助阵，一场荒诞又爆笑的法庭攻防大战就此展开。

城市在恢复平静后，大反派重新召集旧部卷土重来，并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球，忍者神龟莱昂纳多（皮特·普劳泽克PetePloszek饰）、拉斐尔（阿兰·里奇森AlanRitchson饰）、多纳泰罗（杰瑞米·霍华德JeremyHoward饰）和米开朗基罗（诺尔·费舍NoelFisher饰）与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔（梅根·福克斯MeganFox饰）、韦恩·芬威克（威尔·阿奈特WillArnett饰），及面具义警凯西·琼斯（斯蒂芬·阿梅尔StephenAmell饰）并肩作战打击恶徒。在史莱德（布莱恩·泰BrianTee饰）逃脱拘留后，他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼（泰勒·派瑞TylerPerry饰）及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合，发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时，他们发现自己正面临着一个更邪恶的力量大反派格朗，神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。