时为公元2205年。 是以改变历史为目的的“历史修正主义者”开始对过去实施攻击的时代。 被赋予了守护历史这一使命的“审神者”，由他们所唤起的最强付丧神“刀剑男士”。 这是，他们以“某个本丸”为舞台，一心一意、开朗明快地生活的“花丸”日常物语——

在她成为神的那天，世界开始走向终结—— 高中最后的暑假，在成神阳太的眼前，突然有一天，自称“知晓一切的神”的少女雏出现了。 “30天后，这个世界就会结束。” 阳太对告知这样的消息感到困惑，但是看到神一样的预知能力，确信那个力量是真的。 与超常的力量相反，天真烂漫、天真无邪的小雏，不知为何决定寄居在阳太的家中，两人共同生活。 向着“世界末日”，喧闹的一个夏天开始了。

为精进球技，龙马只身来到美国。一次街头对垒，龙马竟意外回到过去，得以领略父亲年轻时制霸网球场的英姿，两人相互鼓励，共同进步。然而，同行的伙伴龙崎却遭遇神秘势力的绑架，龙马与父亲在营救同伴的过程中，意外发现敌方也是网球高手，一场远赴他乡、考验亲情的网坛争霸正式开打！

第四次非核大战一年后的2027 年，在还留有战争痕迹的新滨市，发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中，公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地，却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是，追查这起案件的并非只有草薙一人，拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人，因而紧咬着不放；以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外，「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想，草薙的本能将自此觉醒（ARISE）……。