海军上校Watson刚来到他的办公室，随后电脑里传出了一个奇怪的声音，告诉他他的妻子和女儿Sandy已经被绑架，必须拿出200万美元才能救她们。Watson上校被摄像监视着不能移动，于是他偷偷向NCIS求助。 Kate和McGee来到上校的家里，发现这对母女是被人给骗走的。Gibbs授意Watson上校让绑匪释放他的女儿。Sandy虽然是个盲人，但是却有着超乎寻常的听力，她听出了绑架地点，可绑匪显然不是主谋……

故事围绕着位于华盛顿海军基地特区外地办事处的一个虚构的海军刑事调查小组展开，结合军事和刑侦探案的元素，主要讲述了美国海军罪案调查处探员们的日常生活。 无论是调查谋杀还是间谍活动，NCIS都会走向全球，寻找通过海军或海军陆战队的联系解决所有犯罪。在空军一号上，一名海军指挥官突然离奇死亡。由于管辖权问题，海军罪案调查处的吉布斯不得不与一名特勤局特工共同调查此事。 虽然指挥官的死最初被认为是一场悲剧事故，但NCIS最终还是发现了证据，表明他实际上是被人谋杀，而这很可能与对总统的暗杀企图有关。