电视动画《Free!男子游泳部 第三季》根据おおじこうじ原作轻小说《High☆Speed!》改编。高中毕业后，因为游泳而互相牵绊的遥等人朝着不同的方向前进。遥在东京，与曾经一同游过接力的椎名旭相遇了。唤醒了中学时代记忆的遥，心中苏醒的是“那时”的郁弥的身影。和遥一起前往东京的真琴，开始朝着新的梦想前进。来到悉尼的凛，在新的天地实现了意外的相遇。在各自的未来中等待着他们的，是新的战斗吧。还是，与残留的过去的记忆对峙……？小学生、初中生、高中生——然后是大学生。遥和朋友们在水中编织出的关于友情和青春的故事在《Free!-Dive to the Future-》中相互交融！

狐之一族的首领石动律花（山本千寻 饰）正着手调查“白莲会”——这是一个煽动民众并密谋反抗幕府的可疑新兴教派。在此过程中，她与奉将军之命行事的风魔忍者——阿京（宫原华音 饰）不期而遇。两人发现自己面临着共同的敌人：由服部半藏（凯恩·小杉 饰）率领的伊贺忍者。这群伊贺忍者对德川家族怀有深仇大恨，一心企图重振昔日荣光。随着“狐之一族”、“风魔忍者”与“伊贺忍者”三方势力的碰撞，一场终极忍者大战就此拉开帷幕！