三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市，由此引发了严重的惨剧，而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁（Endymion）的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕，上条当麻（阿部敦 配音）和茵蒂克丝（井口裕香 配音）揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。心怀梦想的亚丽莎经过不断的修业和努力，终于得到了试镜的机会，并有可能在恩底弥翁落成的庆祝活动中演唱。这一晚，当麻、茵蒂克丝和亚丽莎在夜归途中遭到史提尔率领的魔法师们的攻击。而学园都市秩序维持部队的介入，无疑标志着魔法侧和科学侧全面战争即将爆发。亚丽莎的体内究竟隐藏着怎样的力量和秘密…… 　　本片根据镰池和马（创作）、灰村清孝（插画）的轻小说改编。

　　2015年3月6日からは、全国の劇場にて「劇場版 シドニアの騎士」が公開。こちらはTVアニメ「シドニアの騎士」全12話を再構成し、新規カットの追加や音響効果の再制作が行われた劇場版だ。迫力ある映像を大スクリーンで味わうことのできる機会、2週間限定公開なので、ファンはお見逃しなく。

随着在24世纪“Inflation,Hole”的发现，利用“Inflation,Drive”以超光速从太阳系向外层空间进行旅行成为可能。在太空中，从地球开始，每32.6光年就有一处为“Inflation,Drive”服务的空间拉力站，它们被称作"Watcher's,Nest"Kureha,Misaki，是被称为"Seraphim"的特种部队组织的成员，她与另外三位女性队员-,Susanna,,Luxandora,,and,Kiri－在完成在太阳系进行的训练后正前往她们的下一站"Watcher's,Nest"。但是，正在等待她们的是来自平行宇宙被称为"Ghouls"的可怕生物通过Inflation,Hole的入侵。

　　在暑假结束後的第一天，一名因为意外而回到过去的大佐基利亚共和国驾驶员，对渡瀬青叶展开了袭击。弓原雏为了保护渡瀬青叶，也乘上了自己的机体，与敌人展开战斗。但最后两人却因为又一次的意外，来到了未来的世界。在转移过程中，弓原雏只留下了“迪奥正在等你”的讯息，就随即消失了……