故事发生在异世界中，在这里，被称为“噬神者”的鬼怪潜伏在人群之中，散播着恐惧和危险。在一场浩浩荡荡而又旷日持久的战争之后，人类终于以伤亡惨重为代价将噬神者们封印在了三层结界之后，然而随着时间的流逝，第一层结界碎裂了，这也就意味着，如果坐视不管的话，数百年前的悲剧将要重演。　　就在这个危急关头，身形纤弱但拥有着强大力量的少女们出现了。天真乐观的静御前（铃木爱奈 配音）、温柔冷静的义经（松井惠理子 配音）、嗜酒如命的茨木童子（三森铃子 配音）、捉摸不透的辉夜（橘田泉 配音）、可爱娇小的天照（原奈津子 配音），这些少女们要对抗的，是名为“撒旦”的最强噬神者。

在埃及与宿敌DIO的死斗之后过了11年。1999年，空条承太郎为了与祖父乔瑟夫·乔斯达的私生子东方仗助见面，而来到了日本M县S市杜王町。但，仗助却持有与承太郎相同的特殊能力“替身”。之后，以承太郎的来访为开端，仿佛被吸引一般，新的“替身使”们开始行动。“这座城镇存在着什么……”为了守护养育了自己的杜王町，仗助挺身而出——。

袭击了二十世纪的地球的前所未有的大灾害·落星雨。在这场大灾害之下，世界多数的都市遭到毁灭。但，从陨石中发现的未知元素——万应素，让人类的科学技术加速发展，终於诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台，由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗，为了实现自己的愿望，而发誓在这个都市中战斗。