数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及人称“不败的魔术师”的杨威利。两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。

　　故事发生在一个虚构的世界“庭园”之中，神秘的力量令一部分的人类获得了特异功能，“圣战天使”是传说中早已经失落的种族，他们能够变身成为超强的武器，通过和人类的合作进行战斗，如今，这一种族竟然渐渐开始了复苏。　　库（石田彰 配音）是一位平凡而又善良的少年，某日，他邂逅了名叫蕾（高桥美佳子 配音）的神秘女孩，原来，蕾正是“圣战天使”中的一员，她请求库带她重回圣地“艾迪鲁庭园”，就这样，难辞其咎的库和蕾踏上了旅途。个性开朗活泼可爱的西斯卡（水树奈奈 配音）、温文尔雅的龙威（上田祐司 配音）、成熟温柔的奇雅（铃木菜穗子 配音），三人来自于专门保护圣战天使的完全保护会，他们亦加入了库和蕾的队伍中去。

十六夜等人接受了白夜叉的邀请，前往参加某个共同体所举办的游戏。他们到达的地方是一条温泉街，而游戏的目标是让枯竭的水源复活。突然，飞鸟、耀与黑兔遇到了出乎意料的事态？

单行本第19卷、第21卷和第22卷限定版同捆DVD。

全18话，每集3-5分钟。剧情将延续着经典动画短片《精灵宝可梦 起源》，带给玩家各种感动。

天地混乱的时代，人类与妖怪共同和平地居住在这片大地上，这个地方，就叫作"桃源乡"，是文明与信仰的发源地。现在，这个世界正在发生可怕的异变，妖怪们因为牛魔王复活试验产生出的负面波动而狂暴起来，向人类发动袭击。桃源乡面临着重大的危机。于是，玄奘三藏受命与孙悟空、猪八戒、沙悟净三人一起前往天竺国，去阻止这个试验，将妖怪的善良本性唤回，解救桃源乡的人们。

克鲁森大陆的住民，天生就拥有「魔力」。在这样的世界里，属于少数没有魔力族群的莱卡特，被卷入了一场巨大的战乱之中。以莱卡特为中心，描绘出坚毅的友情所联系在一起的4人，残酷命运的悲壮战记

将被称为“精灵”的生命体，当成理所当然的存在的虚构世界— Polyphonica（中译：波利佛尼卡），和我们地球的真实世界有着平行世界般的关连。因此，也有真实世界历史上实际存在过的人（例如：但丁、贝多芬）出现在波利佛尼卡大陆上。波利佛尼卡大陆的科学等级，大致介于地球的现代与近未来之间。跟地球科技产物类似的物品，也大多都存在着。另外，也有着被称为未来都市一般的存在。而借由演奏“神曲”来借用精灵力量的技术体系，则与一般科技并行发展着。这个世界其实还隐藏着某项重大的秘密，而精灵们则一直等待着人类逐步接近真相的时刻到来。 “红”、“黑”、“金”的背景，大致上都是以同个时期的将都“托尔巴斯”为舞台。而在登场人物的部分，也有着实际上的互动。可以这么说，三部作品的角色之间是有着密切的关连性的。 “白”则跟其他作品不同，是以遥远过去的遗迹时代作为舞台。这部作品主要是用来补充其他作品中对于Polyphonica世界的背景及设定解释不足的地方。还有，就是有提到关于精灵们过去的故事。 “蓝”则是只有时代与“红”、“黑”、“金”一样。但是，因为是以另一个都市凰都“碧莲妮丝”为舞台，所……

樱一行人在法伊的魔法帮助下来到一个新的国度——东京，这里一片荒凉废墟，经常下酸雨，人们为了水而争战，这个地区只有两个地方有水，一个是都厅，一个是东京铁塔，双方对立。 一行人和神威一方在一起，樱陷入沉睡中，灵魂和躯体分开，到了都厅的水下的羽毛织成的茧中，听到了同样在茧中的昴流对她的呼唤；“快醒醒，再不醒就来不及了，你最重要的人就要离你而去了”

撼动罗德斯岛全境的英雄战争已过了五年，马莫帝国的黑衣骑士亚修拉姆，造访位于罗德斯岛东北部的玛法大神殿。为了传说中拥有可控制罗德斯力量的“支配权杖(支配の王锡)”，帕恩与蒂德莉特、弗雷姆王卡修一行人，前往魔龙晨曦之星(流星)所栖息的火龙山，和亚修拉姆展开一场激战。（到第8集为止） 十年后，憧憬帕恩的少年史帕克，已成长为弗雷姆的见习骑士。在偶然的场合下，撞见马莫帝国的黑暗妖精入侵王城的藏宝库却又无力阻止。为了取回被盗走的宝玉“魂之水晶球”，史帕克与同伴们踏上了追寻黑暗妖精的旅程。旅途中和被命运引导的少女妮丝相遇，并朝神圣王国瓦利斯出发。此时他们还不知道这趟旅程已变成一场牵扯罗德斯岛命运的试炼…。