朝仓陆等人从伽古拉那得知巨大人工头脑吉尔巴利斯企图抹杀全宇宙的智慧生命体，它为了寻找“赤钢”准备向地球发起进攻。为了阻止吉尔巴利斯，小陆等人来到了冲绳寻找“赤钢”，并在那里遇到了库西亚人比嘉爱琉，在她的带领下，他们终于在石像前找到了“赤钢”，然而小陆却无法令“赤钢”觉醒。就在此时，吉尔巴利斯手下的加拉特隆军团出现了，它们向冲绳发起了攻击。小陆变身成捷德奥特曼与欧布奥特曼、赛罗奥特曼一起对抗敌人。 然而小陆却给了自己太大的压力，他认为自己一定要保护好众人，结果因鲁莽行事而败下阵来，欧布奥特曼与赛罗奥特曼为了保护他而被敌人击中。小陆一度因此丧失了自信，最后在众人的鼓舞下，他的终极形态觉醒了！手持终极升华器的捷德奥特曼终极形态向吉尔巴利斯发起了挑战

1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将会破坏招来体所消灭。得知此事后人类用炼金之星的研究技术组成一个全球防御组织GUARD，而XIG则是GUARD的战斗力量。 2000年，天才少年·高山我梦在一次试验中见到神秘的红色光之巨人。当破坏招来体第一次进攻的时侯，XIG起不到作用。此时，我梦坠入光之隧道，并再次看见巨人，他希望巨人能赐予力量保卫地球。于是，巨人与我梦合二为一，并与破坏招来体展开了战斗。 在战胜破坏招来体之后，我梦加入了XIG，而巨人则被命名为“盖亚”。但此时，另一名青年·藤宫博也亦拥有着变身成巨人“阿古茹”的力量。两个巨人与破坏招来体将会展开一连串的战斗。

终于，所有手表集齐，那一刻到来了…… 王者的诞生，背后隐藏着巨大的阴谋。神秘的组织突然出现，他们自称为历史的管理者。 身份立场的转变，跨越时间的旅行，亲密好友的背叛……庄吾、盖茨、月读、沃兹该何去何从？而他们的所作所为，与未来紧密相关！ 世界会开始崩溃吗？平成时代会被推翻重来吗？ 最大的谜题将会揭开！

光盟与影盟的千年战火因 “捍世号” 暂歇，影盟齿轮号少主迅星移受和平理念感召，寻偶像时遭恶人猎团欺骗卷入帮派火并，光盟复剑平追至使混战升级。混乱中，迅星移跌入 “绞碎螺旋” 获上古星盘却瘫痪，齿轮号遭围攻，光盟卧底月夜枭挟持他逃往光辉地区。二人在此遇捍世号舰长叱风云，恶人猎团追至引发骚动，叱风云救下迅星移并传其武器用法。后光盟百万王遇刺，复剑平认定叱风云是凶手并围攻，叱风云抵抗时命人寻上古武器持有者，其失踪老师现身欲揭秘密，为后续埋下危机。

奥特战士们的故乡——M78星云“光之国”遭到神秘敌人的突然袭击，赛罗奥特曼对自己的力量过于自信，差点失手。在父亲赛文奥特曼的帮助下，赛罗奥特曼成功突围并消灭了敌人。为了弥补自己的过失，赛罗奥特曼只身一人担负起一探敌人真正身份的任务。他戴着父亲给予他的万能物品——奥特手镯，向着未知的宇宙空间，独自踏上旅途。 在旅途中，赛罗感受到有声音在召唤他，赛罗跟着召唤他的声音，来到了一个未知的行星。赛罗在拯救行星上的人们时，他和身负重伤、奄奄一息的青年“岚”以及他的弟弟“小治”相遇。赛罗奥特曼被岚的勇气所感动，与他合为一体，以岚作为人类形态，拯救了岚的生命。 后来，赛罗遇见了行星艾斯美拉鲁达的公主艾美拉娜，赛罗通过艾美拉娜知晓了敌人的真正身份，操控神秘军团的幕后黑手“银河皇帝贝利亚”！曾被奥特战士们齐心打倒的邪恶奥特战士贝利亚复活了！他创建了强大的银河帝国，展开了称霸宇宙的征程！

剑悟变成特利迦奥特曼，为了守护大家的笑容，在永恒核心里消失了。时间推进到特利迦消失的两年后，时冈代理队长率领精英胜利队想方设法复活在永恒核心中消失的真中剑悟。在众人的不懈努力下，终于复活了剑悟。 剑悟复活后取回了特利迦的力量，结果在面对新的怪兽时，陷入了苦战。就在特利迦难以招架的时候，泽塔奥特曼跨越宇宙次元，再次来到地球前来帮助特利迦。没想到随着事情的发展，遥辉发现了事情的背后居然浮现出了宿敌赛雷布洛的影子。于是，遥辉开始追查赛雷布洛的踪迹。 三千万年前超古代人的残党，他与赛雷布洛联手，试图获取剑悟的光之力量。他可以变身成邪恶特利迦，实力非常强大。特利迦根本招架不住邪恶特利迦，不光泽塔前来帮助特利迦，就连伊格尼斯也变成黑暗特利迦前来协助特利迦。 三位战士将联手粉碎超古代人残党与赛雷布洛的阴谋。

由于太阳发射的奥特耀斑导致在沉睡在地球地底和海底的火花人偶（“スパークドールズ”）复活，为了应对接二连三出现的凶恶怪兽和侵略宇宙人，人类结成了装备有超科学机械的特搜防卫队Xio（吉奥）。 特殊防卫队Xio队员大空大地在战斗中听到了迷之声，此后与神秘之光结合成为了“艾克斯奥特曼”。

故事发生在2017年的地球，飞鸟信的父亲飞鸟一马是一名宇航员，在一次任务之中下落不明，长大后的信继承了父亲对正义的追求，成为了地球和平联合组织的一员，在学习和训练之中展现出了过人的实力，甚至打败了王牌飞行员由美村良。 在由美的推荐下，信成为了SUPER GUTS中的一员，肩负起了对抗外星人保卫地球的重任。斯菲亚和岩石合体成为了拥有强大破坏力的怪兽，信和队友们和它展开了激烈的斗争，然而双方实力悬殊绝大，信陷入了岌岌可危的境地，在这千钧一发之际，信变身成为了光之巨人，战斗力陡增，瞬间结果了敌人。之后，信便以光之巨人的身份走上了伸张正义之路。

优马是怪兽防灾科学调查所，也就是人们口中“怪科调”的新人员工。怪科调是为了预防、调查怪兽灾害及其灾后处理的调查组织。优马以”守护大家“为信条，每天努力地工作着。就在这时地球防卫队派来了一位名为石堂柊的人…怪科调一行人开始追踪夏贡的踪迹，但又陷入了危险之中！？这时出现在优马面前的是…

捷德奥特曼击败他的父亲贝利亚奥特曼后，贝利亚的灵魂被封锁在异度空间，但其肉体却化为碎片飘散在宇宙，名为”恶魔碎片”。一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。恶魔碎片能让怪兽变得凶暴，恶徒利用恶魔碎片，它开始毁灭行星，使宇宙陷入了危机，而它的下一个目标是地球。 赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。经过一番激战，泽塔奥特曼独自一人追着怪兽前往地球。在地球上，人们为了对抗日常出现的怪兽组成了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（STORAGE）”，在这支部队中有一位热血青年——夏川遥辉。 宇宙怪兽到达地球的那一刻，泽塔奥特曼和遥辉相遇了，自此两位热血青年的战斗故事开始了。