故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界，武力的最高境界从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中，一场学园动作奇幻大作就此开始。

在私立碧阳学园，学生会成员的选举有一套特殊的制度。不举行一般性选举，只是单纯地靠人气投票来选取学生会成员。因此，每年被选出的基本上都是可爱的女孩子。这是因为大多数情况下美男子会招致男性学生的嫉妒与不满，而美少女对男女学生来说，基本上都是喜欢的对象。可是，只靠人气和外表来确定重要的人选，这样合适吗？ 在遭到了异议之后，妥协的结果是选取优秀人才。各年级学习成绩顶尖的学生，只要本人愿意，就有机会加入学生会。很多学生开始为此努力学习，却没能得到进入学生会的机会。但是，有一个男学生坚持了自己的信念，终于打破了常规！ 他的名字叫杉崎鍵。他梦想着自己能进入“除了自己之外全是美少女的团体”，并以此为目标拼命学习，终于在年末的考试中取得了第一名。 杉崎鍵抵达的目标，是个性鲜明的美少女云集的学生会。 LOLI学生会会长・樱野真红。冰冷而理性的前辈・红叶知弦。男孩子气的傲娇・椎名深夏。可爱的梦幻妹妹・椎名真冬。 杉崎真的能过上理想的后宫生活么！？

【本字幕由LoveEcho!字幕组协力译制】在秋叶原，神田和神保町这三条街上的传统学校，音乃木坂学园正面临着废校的大危机。 面对学校的危机，以二年生高坂穗乃果为中心的九位女生站了出来。 为了保护我们最喜欢的学校，我们能做的事情……。就是，成为偶像！ 通过成为学院偶像向外宣传学校，增加学生人数！从这里开始，她们实现梦想的故事开始了！

故事的主角里见孝太郎，在高中入学前因为父亲调职而开始一个人生活。孝太郎租下了房租每月五千日币，免押金、礼金，价格特别便宜的屋龄25年公寓，可乐娜庄的106号房，决定住进这间只有三坪（六榻榻米）大的房间开始新生活。但106号房却是间因为闹鬼，从来没人能久租的房间。 开学典礼当晚，谣传中的幽灵――东本愿早苗出现在孝太郎面前。早苗主张是她先开始住在106号房，在双亲回来之前必须一直等在这里，而想把孝太郎赶出房间。两人争了一个晚上没有结果而暂时休战，没想到隔天自称魔法少女的虹野由莉佳破窗而入，再过一天又出现号称古代文明末裔的地底人少女――仓野奇莉华，接着是外星人――神圣佛德赛银河皇国第七王女提亚蜜思林·葛雷·佛德赛，每个人都各怀鬼胎，想将106号房占为己有，让房间陷入一片混乱……

因为在风祭流传着未确认生物的情报，以及超自然的现象之类的似真非真的传闻。瑚太朗向超自然研究会的部长，千里朱音的求助，于是展开了涉及到瑚太朗认识的学生们的调查。对于瑚太朗来说，原本只是抱着一点冒险心态而已。只要能和热闹的伙伴们一起度过的话，这样就足够了。但瑚太朗还没有注意到，他将要探求那无人知晓的“真实”。

故事发生在人人都使用名为“Neural Linker（神经连结装置）”的终端设备连线，生活的大半时间都建构在网络世界的不远未来。因为身材肥胖而受到欺凌的学生春雪，过着一边诅咒现实，一边躲在校内网络一角提升自己壁球游戏的分数最高纪录的日子。某天，接受美丽的副学生会长黑雪公主邀请的春雪，使用有线连接通信下载到名为“Brain Buster”的软件，成为“Buster Linker（超频连线者）”的春雪，操纵着自己的角色，投入战斗之中。

极度怕生的少女一里波知，在小学时就只有一位朋友，就是这仅有的一位朋友，和波知定下了约定「波知要在中学毕业前和全班同学成为朋友」如果做不到的话就和波知绝交？！但是，一紧张就迈不开步子，无法面对他人视线的波知，做不到主动和人谈话。在之前，甚至连交朋友的方法都不知道，波知的交友作战总是伴随着小小的意外和失败，她真的能够成功交到朋友吗。

高中生本田透在失去了自己唯一亲人的母亲之后过起了独自一人的帐篷生活。但是，透安扎帐篷的地方刚好就是历史渊源的家族“草摩家”的领地之内！在草摩紫吴的邀请下成为了草摩家佣人的透，居然要与学校里王子般存在的草摩由希、以及视由希为眼中钉的草摩夹这两人一起生活。 然而，透却仍未知晓。“草摩家”自从数百年前起就被忌讳的诅咒所束缚的事实……

在热爱自由的高中生·纳村不道所转入的爱地共生学园，以护身为名武装起来的女生们正在对男生施行毫不留情的支配！ 男生在与女生“共生”的名义下，被“强制”要求舍弃男人身份而生活。纳村刚一转学过来，就引起统率学园的“天下五剑”之一、“鹿岛神传直心影流”的好手·鬼瓦轮的注意，并被当成新的“矫正”对象，受到一决胜负的挑战……。 以“无手”对抗武装少女们，追求自由的纳村不道的命运将会！？

激烈的战斗结束后，总算将全部的职阶卡片回收完毕的伊莉雅和美游回到了平稳的学校生活。某日，为了给混乱的地脉注入魔力使之安定化，两人跟随凛和露维雅来到了大空洞。那是个对于身为魔法少女的她们来说应该很简单的任务，但… 《Fate/kaleid liner 魔法少女☆伊莉雅》在日本《月刊Comp Ace》(月刊コンプエース)杂志2007年11月号(2007年10月发行)开始连载，原作是TYPE-MOON、作画是广山弘。是《Fate/stay night》的衍生作品，在世界观基本上按照原作为基准。伊莉雅是一个就读穗群原学园的普通女孩子，有一天自称人工天然精灵的魔法露比万花筒之杖突然飞了进来，强制地被系结契约，成为魔法少女伊莉雅。被万花筒之杖原持有者的魔术师远坂凛的命令之下，被迫帮忙回收阶级卡片……