故事从97年《最终幻想VII》结局两年之后开始，当人们以为世界已经和平之时，所谓的“星痕症候群”的病却开始四处蔓延，世界再度面临危机。同时曾经为拯救世界而战的英雄克劳德却与世隔绝孤独的生活着…… 剧情叙述主角们打倒赛菲罗斯（Sephiroth），拯救星球免于巨大陨石的侵袭后两年，神秘的怪病「星痕症候群」在各地陆续传出病例。而主角克劳德（Cloud）在与爱莉斯（Aerith）死别后，便郁郁寡欢。某日突然出现了与赛菲罗斯有未知关联的神秘3人组，除了直接对克劳德造成威胁之外，还进行着一连串秘密的计划，将已回归各自生活的主角群们，再次的卷入风波中……

舞台是充满兽耳、兽尾、有翼族的古装·异族战国时代，据说在服饰、固有名词等方面参考了现在生活在北海道中北部的阿伊努民族。 剧情以受伤倒在路边的面罩男哈库奥罗接受素未谋面的兽耳少女艾露露的治疗为起点，经历了哈库奥罗领导人民起义反抗暴政、领导卫国斗争、解放他国受压迫民众的战争到保卫全世界大致四个阶段。大陆的历史以及哈库奥罗究竟是谁、这些异民族又是如何产生等问题在战争的扩大化中逐步得到解决。 人设由甘露树包揽，萌度十足。剧情从结尾看是泣系，从内容看是架空历史，设定丰富，整体看起来已经够独特的民族风，染上超未来要素更让人眼前一亮。

12年前，利姆加尔德王国发生的事件在留下了巨大的谜团的情况下，正从人们的记忆中被忘却。时光流转，主人公唯和蕾娜两姐妹在艾纳斯特利亚皇国度过着平稳的日常。某天，一台巨大机体袭击了艾纳斯特利亚。以这一天为分界线，少女们的命运被卷入了漩涡当中。

【由浪巫谣担任主角，讲述TV版第二季《Thunderbolt Fantasy 东离剑游纪 2》的过去、于西幽发生的故事。】生来便怀有异能歌声的少年浪巫谣，自小便跟在隐遁雪山的盲眼母亲身边，接受经年累月的苛刻训练。母亲怀着野心，想将儿子的歌声锻炼成天下无双，然后送入宫廷。然而过于苛刻的训练却招致了不幸的事故，母亲在浪巫谣眼前断送了性命。失去了母亲的浪巫谣成了流浪之身。但他的异能却总被无情的人们利用，成为他们满足欲望的道具，渐渐消磨著少年的心灵。尽管如此，浪巫谣罕见的歌声终于吸引到了西幽皇女，因而得到了过去母亲所梦想的飞黄腾达。但是等待着他的，却是成为执政者玩物、赌上性命与其他乐师进行演奏竞赛的残忍游戏。就在某一天，浪巫谣听闻有一名在西幽各地夺取魔剑、占为己有的大罪人──“啖剑太岁”。而啖剑太岁的下一个目标，正是皇帝藏在宫中的圣剑。

舞台是架空的大陆·努纳西亚。悠久的历史记载着无数的国家和文明的兴起、繁荣、战争、灭亡。 住在绿意盎然的边境村落·丹德拉的凛，是个稍有些贪吃、充满精神的女孩子。与可靠又温柔的姐姐·梅尔、以世界第一的科学家为目标的科学宅少年·阿尔、严格但满怀关爱的爷爷一起过着平稳的生活。 另一边，住在华丽的王都、被人民爱戴着的歌姬·菲妮丝。她虽然作为某位将要继承王位的王子的王妃候补，却在被重重墙壁包围的深宫中孤独度日。 这两人有着其他人类所不具备的特殊力量。她们能够演唱出产生治愈伤口、创造出水、点火等各种各样奇迹的歌声。 ……命运将拥有歌之力量的这两人，分别引导到了残酷的旅程上。 当战争的阴影笼罩王国时，即使是奇迹之歌的光辉也被染上了血色。所爱之人的生命被夺走，无声的悲鸣响彻石牢。 两人的命运交汇，最后唱出的歌是希望？是绝望？还是……

并非此处的世界，并非此时的时代。 被称作将军的执政者们所治理的草原与沙漠的国度·土耳基将国。 12年前，在与邻国·巴尔特兰帝国之间的战争中失去母亲的玛法姆特，期盼着和平的国家，而成为了土耳基史上最年轻的将军。 但，随着土耳基因交易获得巨万财富而取回了安宁，帝国的侵略再度开始了。 与搭档犬鹫·伊斯卡达尔一起，为了粉碎席卷国家之间的阴谋与策略而行动的玛法姆特，究竟要如何将自己的祖国导向和平？ ——在理想与现实的夹缝中，他所采取的行动是……？

强盛的帕尔斯王国位居大陆东西交通要冲，以华丽的文化和繁盛而自豪，其王都叶克巴达那更是繁荣。但在帕尔斯历320年，蛮族鲁西达尼亚从西方入侵帕尔斯。本来不费吹灰之力便可获胜的帕尔斯，却因为一名万骑长的叛变在亚特罗帕提尼平原会战中惨败。大陆强国在一日之间陷入亡国的边缘，败走的国王安德拉寇拉斯在逃亡时被一名戴着银假面的骑士所捕。 第一次出征的王太子亚尔斯兰在忠臣达龙的协助下死里逃生，到巴休尔山找寻不被国王重用的“宫廷画家”那尔撒斯。王太子亚尔斯兰在一智一勇的二人，以及其他投奔麾下的忠臣辅助下，踏上了艰苦的复国之路……

在遥远的时间尽头，世界受到大规模污染之后，大地被新的主宰污染兽所占领，将人类逼至濒临灭绝的窘境。幸存的人类在远古炼金术师遗留下的自律型移动都市中生活。这些移动都市各自拥有自己独立意识及功能，有专属交通的都市也有专属教育类的学院都市。赌上各自的存亡，都市与都市之间被操控着进行战争。还有能够覆盖天地的巨大怪物“污染兽”群。少年少女们为了保护自己的都市，使用超能力“刭”不断进行战斗。故事就发生于无数都市中的其中一个学院都市洁尔尼，在新生入学仪式上，由两个敌对都市的学生引发的骚乱险些造成踩踏事故；在混乱之中，来自于枪壳都市古莲达的普通教育系新生雷弗救下了一名少女。由此，被学生会长以学费全免为条件由一般教育系转入了武技系，并被招入了刚成立不久的都市护卫第十七小队中。不过这个“第十七小队”却是个不得了的“堕落部队”。率领整个小队的队长尼娜不顾周围的人和状况一昧向前猛冲，沉默的少女菲莉、没有干劲的男人夏尼德、被这些超有个性的“第十七小队”包围着，雷弗开始了全新的学园生活。然而，除了学生会长以外，并没有人知道这位来自钢壳都市古莲达的少年有着怎样的过去，他那曾经背负的作为武者的最高荣誉以及污名……

很久很久以前的时代，天空中白色王国，与地上的黑色王国，保持着“均衡”并同时“循环”着。 有一天，在黑色王国因被怪物袭击而毁灭的村子里，一位少年正在挖坟墓。在那个少年面前出现了上一代黑暗之王候选人史基亚斯。被史基亚斯发现的少年，决心成为黑之王子改变这个世界。 而另一方面，作为白色王国守护神的光之王爱丽丝，担心光与暗的平衡被破坏。 在得到破坏平衡的巴尔出现的消息后，黑暗之王为了讨伐碍眼的巴尔提出盟约。 光之王爱丽丝与黑暗王国的使者兼王子相遇，两人“约定”共同建立和平的世界。 但是，两人的“约定”却被黑暗之王践踏。 两人交换的“约定”与世界毁灭开始之罪，通向“根源”“ZERO”的故事拉开了帷幕――

在数千年后的未来，迈入宇宙空间的人类分裂为银河帝国与自由行星同盟两国，分别秉持着专制主义与民主主义的政体。两国相争已达150年，以漫漫银河为舞台，进行着持续不断的战斗。在漫长的战争中，银河帝国苦于门阀贵族导致的腐败，而自由行星同盟也被民主主义的弊病：暴民政治侵蚀着。而在宇宙历8世纪末，两位天才的登场开始推动历史的进程。他们是常胜的天才莱因哈特·冯·罗严克拉姆，以及不败的魔术师杨威利。两人分别统率着帝国军与同盟军，展开轮番激战。