拥有“平成鲁邦”之称的怪盗基德，无论防备多么严密的钻石珠宝对他来说都易如反掌。他一直是中森银三等警官的梦魇，而关于他的身份却始终是个谜。某高中二年级学生黑羽快斗，是一个出身于魔术世家的俊朗男孩，他与青梅竹马的女孩中森青子终日打情骂俏，乐在其中，也由此惹出了诸多的麻烦。偶然机会，他在父亲黑羽盗一的画像后面发现一间密室，在这里不仅发现了各种精密的设备，也发现8年前因事故去世的父亲竟和基德有着千丝万缕的关系。数日后，消失多年的怪盗基德发出预告，将要盗取东京市美术馆的宝石月之瞳。警察与盗贼新的战争就此展开……

喜欢魔术的高中生黑羽快斗。父亲是天才魔术师，但也有世界大盗怪盗基德这一不为人知的一面。然而，他的父亲因魔术中的意外事故而去世了。自那8年后，快斗意外得知了父亲背后的一面，怀疑他非因事故而死，而是被什么人所杀害的。为了解除这个疑惑，快斗身着礼帽和白色斗篷，继承了父亲的轨迹，成为了怪盗基德。

针对警察的连续杀人案件发生了，连续有两位东京警视厅的警察遇害了。柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙去追踪凶手，但凶手逃脱了。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利小五郎不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味着这两起杀人事件与警察内部人士有关。 柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，但突然间停电了，那一刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子，事情越来越扑朔迷离。

在晨雾弥漫的京都舞鹤湾发现了一艘可疑船只。那艘船上残存的数据和零件，确认是日本所没有的东西。那个消息让日本全国都紧张起来。

在东京某个位于西国立市的神社内，有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现，他用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此同时，在大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现，被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地，专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团“源氏萤”的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名“义经”，部下则以“弁庆”为首，各自以家将姓名相称。另一方面，小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃，寺院的住持为了解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像，因而请来了小五郎帮忙，小五郎一行人展开了调查。

双叶幼稚园的园游会快到了，往年都会在园游会里跳春日部舞，但这一年松坂梅却突然提议要跳森巴，不过马上受到吉永绿和上尾真澄的大力反对，最终也只好不了了之。奇怪的是，第二天在幼稚园里，吉永却不同前一晚的态度，大力向园长建议园游会上应该跳热情的森巴。另一方面，阿呆告诉大家有个传言，春日部里出现了”克隆人”。而小新妈妈也听到了这个传言，但是大家也认为这只是谣传而已，结果没想到野原一家竟然在新开幕的超市里，遇到了妈妈美冴的克隆人，而后，广志和小新的克隆人也纷纷现身了。究竟这背后有什么阴谋？又是谁为了什么在制造克隆人……？

污垢达人正计划将整个地球变成一个大温泉，政府的秘密组织温泉g组为了阻止他们的野心，到处寻找黄金之魂温泉，希望借温泉的神力打倒坏蛋。没想到黄金之魂温泉居然就在小新家的地底下，就这样他们一家人卷入了守护温泉的正邪之战.....

向日葵幼稚园带着所有的幼稚园小朋友到新开幕的奇异乐园玩，只是小新居然在后来没跟着大家走，独自走进了尚未对外开张的马戏团，在这里遇到了童话故事中的木偶多佩玛，邪恶的同性恋双魔，还有他的手下。坏人们为了争取超级无敌厉害的扑克牌，展开了一场现实与魔幻世界的追逐，最后连小新的爸爸妈妈都被同性恋双魔的手下抓走了，为了救回爸爸妈妈，小新只有勇敢的再回到奇异乐园…..

秘密的为了维护世界和平，阻止邪恶的黑道组织-猪蹄组征服世界的诡计，派特工美色(魅力）潜入邪恶组织，偷取执行计划的核心元件。在逃亡过程中，美色（魅力）无意间上了小新一行人搭乘的游船，使得小新也被卷入正邪的对抗战中，还被带往邪恶组织。原来邪恶组织要进行的计划是，让大袋博士开发出来的新型电子生命体肥嘟嘟左卫门入侵全世界的电脑，进而征服世界。没想到这个新型的电子生命体的原创者居然是小新......

风和日丽的一天，铃木财团斥巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南和好朋友们受邀前来参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，江户川柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方非常胆大，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。\r\n在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经茱蒂介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人生也彻底跌入了低谷。这一次他以神秘狙击手的身份出现，显然是想向那些毁灭了他人生的人们复仇。狙击事件接连而起，全东京陷入了莫大的恐慌之中。