由于太阳发射的奥特耀斑导致在沉睡在地球地底和海底的火花人偶复活，为了应对接二连三出现的凶恶怪兽和侵略宇宙人，人类结成了装备有超科学机械的特搜防卫队。

经营澡堂的五十岚夫妇和三个儿女过着家庭和睦、美满幸福的生活。父亲元太入赘前本名为白波纯平。25年前，因事故遇难的白波纯平被科学研究组织诺亚收录为071号实验体，在诺亚所长东山的命令下，他被科学家狩崎真澄植入了基夫细胞后复活重生，成为恶魔猎手。为了找回失去的记忆，白波纯平听从组织的命令，变身成假面骑士贝尔与恶魔战斗。打败恶魔后，他回想起父母被恶魔害死的记忆。体内的贝尔许诺会帮他复仇，因此白波纯平成为科学研究组织诺亚的手下，为找到那只害死父母的红色恶魔而开始不断地战斗。在一次任务中，他与五十岚幸实相遇，幸实的善良与真诚打动了纯平，但还没来得及深入了解彼此，两人就被抓回了诺亚。为了拯救幸实，也为了找回自己，纯平决心脱离诺亚，伊良部与狩崎真澄也提供了帮助。激战之后，诺亚被毁，纯平失去了记忆，就此成为五十岚元太，和幸实一起过着平静安宁的生活。

传说在芭罗慈遗迹中封印着太古时代的地狱。 然而对文物古迹有着强烈好奇心的黑崎硬是解开了该封印！随后，能将世界化为地狱的阎魔兽赛高古复活了！ 赛高古实力超群，在它强力的攻击下，艾克斯奥特曼的光芒消失了。地球会就此迎来末日吗？ 为了阻止赛高古，吉奥的队员们和考古学家玉城司教授抱着必死的决心前去寻回能封印赛高古的神秘之力。 在千钧一发之际，玉城司的儿子悠斗那想要保护母亲的强烈愿望引发了奇迹。 初代奥特曼、迪迦奥特曼就此登场！ 随后，吉奥与奥特英雄们合力对付以赛高古为首的怪兽军团，激战就此展开。