蜂蜜与四叶草讲述美大生─竹本裕太在贫穷与森田忍学长所带来的烦恼之中度过的大学生活。 有一天，竹本他们的大学老师花本修司向他们介绍了他的亲戚花本育。竹本裕太对她一见钟情、而古怪的学长森田忍似乎也对她相当在意。然而，森田的爱情表现（特别是最重要的小育）让人无法感受，周遭的人除了森田被小育所讨厌以外什么都不知道。可是、与森田熟识的竹本却注意到了森田真正的心意，才华洋溢的的天才森田学长居然是自己的情敌，这令竹本的心中抹上一股不安。然后，竹本的担忧成了事实。小育和森田互相被对方所吸引，而双方也对此有了自觉。 然而，两人的恋爱却不是一般人所能理解的，是一种天才之间灵魂的结合。小育与森田之间有着似乎名为恋爱的微妙关系，但森田却若有似无的对小育表现出客气的态度。虽然相互受到对方的作品刺激而醉心于创作活动之中，可是某天森田却在没有任何告知的情况下突然开始到美国为期一年的旅行，两人的关系就这样在远近之间不断的来回。

　　美大学生竹本、真山、森田在破旧不堪的公寓中过着贫困而快乐的生活。 　　一天，花本老师向3人介绍了他堂兄弟的女儿——小巧、惹人爱怜的插班生·叶久美。 　　看到天真烂漫的叶久美，竹本和森田在一瞬间坠入情网。 　　单纯得令周围人不耐烦、迟钝的竹本，以及用令人费解的方式让周围人困惑的森田。在完全相反的两人的爱情表现的交错中，森田自不必说，就连竹本甚至是叶久美也都没有察觉到对方的心情，就这样时间在流逝。 　　另一方面，真山一直对至今追寻因交通事故而亡的丈夫身影的建筑设计师·理花念念不忘。他同时又逐渐察觉到义无反顾爱着自己的同年级学生·山田的心情…。 　　希望能填补理花心灵空缺的真山、真山的爱成为负担的理花、唯独对喜欢的真山无法表示关心的山田。 　　以各自感到恋情、苦于思念的2对三角关系为中心，难过而又有些奇妙的“单相思物语”开始缓缓启动。