2003年秋，在哈佛大学中，恃才放旷的天才学生马克·扎克伯格被女友甩掉，愤怒之际，马克利用黑客手段入侵了学校的系统，盗取了校内所有女生的资料，并制作名为“Facemash”的网站供同学们对辣妹评分。他的举动引起了轰动，一度令哈佛大学的服务器几近崩溃，马克因此遭到校方的惩罚。正所谓因祸得福，马克的举动引起了温克莱沃斯兄弟的注意，他们邀请马克加入团队，共同建立一个社交网站。在没有明确拒绝他们的同时，马克和室友爱德华多·萨维林建立了自己的社交网站。

当世界仍在从上一季的全球灾难中恢复之际，已发生变化的马克因内疚而痛苦不堪。他在全力保护家园和挚爱之人时，与一股强大的新威胁正面交锋，这股威胁足以永远改变人类的命运。

一部类似电影《第九区》（District 9）的外星人题材科幻剧（其实更像《E星恋》），故事创意来自一位西班牙制片人。数百名人形外星人困在地球上，为了防止出现意外，人类决定建立外星人定居点对他们进行集中看管（事实上是种族隔离、集中营）。10年之后，人类决定启动一项特殊的「高中教育项目」，尝试让9名外星少男少女去一所人类的郊区中学读书，看他们是否能融入人类社会。毫无疑问，双方的偏见和生物固有的「竞争意识」让整个计划变得更加复杂，而人类女孩Emery（Aimee Teegarden）和外星男孩Roman（Matt Lante）的恋情可能成为影响人类和外星人和平共存的关键——他们要么成为救世主，要么成为毁掉两个物种的罪人。

本季的故事接在上一季事件发生的一年后。四境陷入混乱，魔法的重新出现让民众感到恐惧，一个名为猩红的组织正在追捕魔法使用者，并利用恐惧和恐吓在种族之间散播不和。威尔因失去安贝尔和与埃雷特里亚的分离而深受重创，他放弃了成为一名治疗者的命运。但是当威尔被一个叫马雷思的神秘女人从猩红的攻击中救出时，他又不得不重新加入战斗。

华盛顿的一家酒店发生了爆炸，海军部长Clayton Jarvis当场身亡，国土安全部副主任Tom Morrow也身受重伤。在酒店外目睹了这一切的Parsons，似乎从中领悟到了什么。 Gibbs临危受命，前往伊朗去调查关于McBride中尉的谋杀案。然而才刚下飞机，他就遭遇了枪击，却意外的被Parsons救了一命，Gibbs被告知自己中了圈套，McBride中尉案只是一个诱饵。