极其普通的高中男生·日之轮泊，某天被班主任老师叫了出去，并得知自己被定为不可思议生物“KANENOGI”的结婚对象。在困惑中提交了婚姻申请书的两人，新婚生活意外地充满幸福……！？软绵绵毛茸茸的非人类×男子高中生的甜蜜新婚生活，开始！

1990年2月 神户市北区俄勒冈村 在孤儿院生活的双胞胎少年米奇与达利， 有一天被富裕而安详的老夫妇园山夫妻收为了养子。 但他们并非以「米奇」与「达利」两位少年的身份， 而是以「园山秘鸟」这一位少年的身份被收养的。 二人隐瞒了真实身份， 在扮演园山秘鸟的同时融入俄勒冈村。 二人究竟为何要扮演同一个人？ 其中包含着巨大的秘密和惊人的目的。

故事进入终章—— 失去了母亲的透一个人住在帐篷之中，露营的那块地却是属于历史名门『草摩家』的领地，因缘巧合下透与草摩由希、草摩夹开始了共同生活。 然而，草摩家从几百年前便被令人忌讳的『诅咒』所束缚。透在于由希、夹以及其他草摩家的人们相处越深便越为了解除他们的诅咒而奔波，但是却丝毫找不到解决的头绪。不仅如此，透甚至得知了草摩家的当主草摩慊人是一位女性这一惊天秘密。 作为『神』的慊人与『十二生肖』之间的“羁绊”，是梦幻易碎而又令人悲伤的螺旋…… 但是，天下无不散的宴席——被众人遗忘的最初的记忆、最初的约定。 在那等着由希、夹以及透的究竟是……

高中一年级的白石纯太， 是一个零存在感的“路人”男生。 同班的“女主角级”美少女·久保同学居然是唯一能找到他的人，并且总是戏弄他。 无法成为特别存在的“路人”男生，和出现在他面前的“女主角”女生。 在教室的一角，青春的色彩开始逐渐丰富——。 无论是谁，都可以成为某个人“特别”的存在。但是这份感情对尚且稚嫩的两人来说，还不能被称为“爱”。 距离“恋爱喜剧”两步之遥，女主角女生×路人男生的青春期甜蜜喜剧拉开序幕。

独自居住在东京旧市街的17岁职业将棋棋士——桐山零。 他是个幼时就因为意外失去家人，怀抱着深沉孤独的少年。 出现在这样的他面前的，是明里、日向、桃三姐妹。 与她们的相处后，零开始发生些许改变——。

自前作中蕾哈尔背叛夜，并将其推落水中已经过去6年。在塔的20层，许多甄选人员因无法通过测试而贫困潦倒。 甄选人员之一，屡次落榜的青年吉王男屡次被高利贷商人催收用于缴纳考试费用的借款，并终于在可能要签下贩卖自身器官的合同这一前提下，再次挑战20层的测试。在那里出现了一位拥有压倒性力量，把头发绑在后面随风飘舞的，名叫久·威傲来·格雷斯的男子。他是FUG的候补杀手，而FUG则是与统治塔的吉黑德和十大家族相敌对的犯罪组织（即所谓恐怖分子）。在测试中，高利贷商人兼催债人的公子普林斯、莲家千金梨花、人称「右臂恶魔」的大汉虎亮都参加了，而在神水能力测验中获得第一名的威傲来，面对恳求他「选择自己做同伴」的众人，漠不关心地说「我一个人就足够了，你们全部都出局吧」。听闻此言后考官提出了新的测试，结果通过者为威傲来、吉王男、吕美生、吕高生、虎亮、亚克雷普特、普林斯、莲8人。之后，吉王男与拜访了威傲来的FUG成员火莲、夏镇城见面，得知了威傲来成为FUG候补杀手是因为朋友被挟持为了人质，如果他在测试中出局，朋友就会被一个个杀死。正义感强烈并且不知为何拥有刻着吉黑德纹章的戒指的吉王男带着威傲来……

这是一个怪兽如日常般威胁人类的世界。日比野卡夫卡原本立志加入“日本防卫队”，却放弃梦想，在怪兽清扫公司工作。与他一同发誓“两人一起消灭所有怪兽”的发小·亚白米娜已经成为第三部队队长大显身手，再加上遇到了想要加入防卫队的后辈·市川莱诺，以此为契机，卡夫卡再次开始追逐梦想。就在这时，一只神秘的小型怪兽让卡夫卡“变身成怪兽”获得了巨大的力量！卡夫卡被命名为“怪兽8号”，在全日本遭到追杀，但他依然没有放弃成为防卫队员的梦想，与怪兽灾害进行着抗争。

在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。 鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近。 意志与力量得到继承，新的编号怪兽武器适配者诞生，防卫队史上最大的危机也即将来临……

全人类都在害怕着—— 普通人会毫无征兆地突然「燃烧」 ，变成操纵火焰的怪物「焰人」， 并向周遭倾泻其极高破坏力的「人体自燃现象」 。 与火焰的恐怖对抗的「特殊消防队」 ，他们的使命是解开人体自燃现象之谜并拯救人类！ 出于某个原因被称为「恶魔」的新入队少年・森罗，以成为「英雄」为目标， 与同伴们一起，投身于与「焰人」对抗的日子中！！

全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年—— 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 面对文明毁灭的石之世界（STONE WORLD）， 千空决定依靠科学的力量取回原本的世界。 他召集新的伙伴，创立了『科学王国』。 火、铁、电气、玻璃、手机…… 千空等人开始跨越从石器时代到现代文明的200万年科学史。 但号称灵长类最强的高中生·狮子王司所统率的『武力帝国』却阻挡在他们面前。 以净化人类为目标的司，企图利用强大的武力来阻止科学的发展—— STONE WARS，就此开战！