两位生活在正在进行迁都计划的巴鲁海特帝国的青年—— 努力从事运输工作有点胆小的伊努玛尔，帝国的新手士兵不懂人情世故的雷欧卡迪欧。 一人想着重要的妹妹，一人想着作为士兵的前途，就这样在帝都生活着的日常。 与此同时，过去将世界大多数生物消灭、给世界带来凶暴魔物的灾祸“光”将再度降临的预言出现在帝国中，帝国上下人心惶惶。 在此之中，以某次密输事件为契机，伊努玛尔与雷欧卡迪欧的命运，以及帝国的历史都将发生激变。

主人公——人类奇诺与会说话的摩托车汉密斯，毫无目的地在世界各处旅行。 在世界的各处有着充满个性的国度，人们在与自己相适应的法律与常识之下生活，奇诺与汉密斯造访各种这样的国度，基本上只停留3天，之后便出发前往下一个国度。 奇诺与汉密斯的这些旅行故事，时而温柔，时而哀伤，时而滑稽，时而痛彻心扉。这些美丽的故事，将一言难尽的鲜烈光景展现给读者。 将“并不美丽，但也正因如此才美丽”的世界展现出来。

——虽然很突然，但世界已经灭亡了。 1000年前一度毁灭的地球，由名为“Y”的传说中的时钟技师以时钟装置再构筑而成的世界。 吊车尾高中生·见浦直人，与“Y”所留下的自动人偶琉珠，以及天才时钟技师少女·玛丽相遇了。 当他们的能力相互咬合时，命运的齿轮开始转动。 不断重复破裂与延命，将即将崩坏的地球（“时钟机关之星”）修复的时钟朋克·幻想剧！

在她成为神的那天，世界开始走向终结—— 高中最后的暑假，在成神阳太的眼前，突然有一天，自称“知晓一切的神”的少女雏出现了。 “30天后，这个世界就会结束。” 阳太对告知这样的消息感到困惑，但是看到神一样的预知能力，确信那个力量是真的。 与超常的力量相反，天真烂漫、天真无邪的小雏，不知为何决定寄居在阳太的家中，两人共同生活。 向着“世界末日”，喧闹的一个夏天开始了。

自前作中蕾哈尔背叛夜，并将其推落水中已经过去6年。在塔的20层，许多甄选人员因无法通过测试而贫困潦倒。 甄选人员之一，屡次落榜的青年吉王男屡次被高利贷商人催收用于缴纳考试费用的借款，并终于在可能要签下贩卖自身器官的合同这一前提下，再次挑战20层的测试。在那里出现了一位拥有压倒性力量，把头发绑在后面随风飘舞的，名叫久·威傲来·格雷斯的男子。他是FUG的候补杀手，而FUG则是与统治塔的吉黑德和十大家族相敌对的犯罪组织（即所谓恐怖分子）。在测试中，高利贷商人兼催债人的公子普林斯、莲家千金梨花、人称「右臂恶魔」的大汉虎亮都参加了，而在神水能力测验中获得第一名的威傲来，面对恳求他「选择自己做同伴」的众人，漠不关心地说「我一个人就足够了，你们全部都出局吧」。听闻此言后考官提出了新的测试，结果通过者为威傲来、吉王男、吕美生、吕高生、虎亮、亚克雷普特、普林斯、莲8人。之后，吉王男与拜访了威傲来的FUG成员火莲、夏镇城见面，得知了威傲来成为FUG候补杀手是因为朋友被挟持为了人质，如果他在测试中出局，朋友就会被一个个杀死。正义感强烈并且不知为何拥有刻着吉黑德纹章的戒指的吉王男带着威傲来……

公元10世纪末期，出现了在世界各地出没的最强民族。被讴歌为最强战士的托尔兹，其子托尔芬幼时便生活在战场上，并向往着梦幻大陆“文兰”。这是一个发生在激荡时代的，真正的英雄物语。

在古代墨西哥繁盛一时的太阳的子民阿兹特克，他们流传着一枚奇妙的「石鬼面」。 那是一枚奇迹的面具，能让人拥有一种力量，能获得永远的生命并成为真正的掌控者。然而从某个时候开始，就从历史中消失了踪影。 时光飞逝，来到了19世纪后叶。在这个人们的思想与生活产生激烈变化的时代，乔纳森·乔斯达与迪奥·布兰度相遇。二人一同渡过了少年时代到青年时代，最后因为「石鬼面」，而步上了奇特怪异的命运。

出色的间谍“黄昏”化身为心理医生劳埃德·福杰，与拥有“读心术”的超能力女孩阿尼亚、杀手约尔组成各怀秘密但意外温馨的“伪装家庭”，在共同经历笑料百出的家庭闹剧后，将踏上第一次“家庭旅行”。然而，在愉快的旅途中，阿尼亚却发现了一个可能会撼动世界和平的“秘密”，令人措手不及的大危机事件来袭！世界的命运，又一次掌握在了这意外不断的临时一家人手中！

刚升上高中一年级的佐藤一郎，某天在晚上潜入学校拿东西时，遇见了身穿蓝色斗篷，拿着金属杖的美少女。自从遇到她之后，佐藤期望的平稳学生生活渐渐的离他而去。

第四次非核大战一年后的2027 年，在还留有战争痕迹的新滨市，发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中，公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地，却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是，追查这起案件的并非只有草薙一人，拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人，因而紧咬着不放；以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外，「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想，草薙的本能将自此觉醒（ARISE）……。