东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也 配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察现场，搜集证据。随着调查的深入，柯南发现这起爆炸案隐藏着包括恐怖分子、公安在内多方的复杂关系，而真相更令所有人瞠目结舌…… 　　本片是“名侦探柯南系列”第22部动画剧场版，票房总收入超过90亿日元。

22世纪，人类发展了太空殖民地。转校生露娜与六位性格各异的同学和一只机械猫参加学校的太空旅行时，在宇宙重力风暴中意外地脱离主太空船，所乘的太空船被迫降落在一个不知名无人星球的小岛上。他们太空船的重力系统损坏而无法离开，也无法发出求救讯号，被迫留在那星球上，为生存而奋斗。在这些期间，他们一起经历了许多事情。艰难地寻找食物建立“我们的家”、意外找到遗迹，亚当姆、保尔度的加入、有望回殖民星却遭到逃犯集团的抢夺、辛苦地造船登陆大陆却又遭到电脑莎维尔的袭击……但是每次总能平安的度过，他们对彼此也从陌生到熟悉，到互相扶持，成为真正一生中的好伙伴！最后，更发现这个星球正遭到宇宙风暴的袭击，即将灭亡……

电视播放的是12话加1个特别篇的「保奈美編」，DVD还收录有另一个故事「美琴編」（9~12话共4话），一共有16话和1个特别篇

江户川柯南和毛利兰、灰原哀一起来到了公共浴池。在男浴池的更衣室柯南目击到2名可疑的男子，随后，在浴场摔倒失去了意识。于是令柯南感到可疑的男子阿辰和近藤借口将柯南送到医院把他用车带走了。柯南注意到，二人是黑社会中有名的人物，正在浴池执行秘密任务。 听说柯南被送往医院的小兰和小哀在附近的医院拼命寻找，但并没有找到他。这时，小兰的手机收到了“我的伤没有大碍，不用担心。我要和认识的大哥哥去吃饭了”的邮件。这封邮件是用柯南所带的工藤新一的手机发送的。 此时，毛利小五郎的侦探事务所收到了香苗调查丈夫外遇的委托。香苗提供的照片中的前便利店的丈夫，竟然是近藤！香苗对自己的丈夫与黑社会有牵连一事毫不知情。 另一方面，在谁都不知道发号施令的幕后黑手是谁的情况下，近藤依然和同伴们一同执行任务。近藤等人的任务是引发针对某个人物的炸弹袭击。丧失记忆的柯南被近藤等人利用？！ 闯空门的专家，天才欺诈师，传说中的杀手，各种各样的犯罪者和操纵他们的神秘黑影……各种各样的人物在案件周围交错，案件背后隐藏的真相是……

名侦探柯南电视动画和剧场版20周年纪念的最后一项，2小时电视动画特别篇，将于2016年冬播出。 重新演绎“云霄飞车杀人事件”，增加原作漫画中没有的新内容，并由原作者青山刚昌全面监修。故事将从工藤新一弄坏了毛利兰的手机开始，主体内容仍是原作第1话游乐园中的杀人事件，以及新一在此之后被琴酒强制服下APTX4869变成江户川柯南的经历。变成灰原哀之前的Sherry（宫野志保）、遇到柯南之前的少年侦探团、阿笠博士、收留柯南之前的毛利小五郎等角色都将登场，原作中没有描写的、上述角色在这一时间段的行动也将在片中展现。

故事以15年前的北大西洋上一件海难作序幕，这宗海难是有一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起。由于未能及时发现航道上有巨大冰山，导致猛烈撞击后引擎室受到重创，整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救，但船长与一名船员还是不幸罹难。 而在15年后的东京大都会，大财团的著名设计师在驾车时，突然心脏病发作。连人带车冲向山谷，车子并在坠落山谷后起火燃烧，设计师即场气绝身亡。这两宗分别发生于两个不同年代的意外，绝对预料不到，但是居然是一场天大阴谋的序幕。 幕后黑手选择了豪华邮轮“爱芙罗黛蒂号”，作为展开阴谋的地点。恰巧柯南、小兰、小五郎等人，参加这艘邮轮的处女航行仪式，小兰更因而深陷险境，情节惊险万分。

薄雾笼罩的京都，一起攸关日本国家安全的大事件即将发生。一艘疑似装载爆炸物的可疑船只靠近舞鹤湾。通过对船上相关数据和零部件的勘察判明，该船很大可能来自海外。此消息一出，立刻引起全日本上下的恐慌。 就在同一天，江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰以及少年侦探团的各位一同观摩海上自卫队组织的对空作战演习，他们史无前例地登上了宙斯盾舰穗高号，与全国各地聚集来的孩子们一起，被装备了电子武装的高科技宙斯盾舰带来的巨大魄力所震撼。 谁知演习中突发意外，原本虚拟的作战瞬间变成真枪实弹的杀戮。不久，海面上漂浮着的失去左臂的自卫队队员一等海尉笹浦洋介遗体被发现。种种不安与猜测在小兰和少年侦探们的心中蔓延。另一方面，海上自卫队迅速冷静地稳定事态，但始终不能探明敌人的真实身份和他的目标。就在此时，宙斯盾舰上发现了遇害队员的左臂，其配戴的手表指针停止在上午5:30。接二连三的异常事件，迫使大阪府警乘坐直升机赶来，与京都当地的同侪协作展开调查。在此期间，神秘的女性自卫队员藤井七海也登上了宙斯盾舰。

毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话。之后，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了！“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”根据犯人寄来的挑战书，若不能解读谜之暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。另一方面，此时的江户川 柯南与灰原和少年侦探团一起，沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中。正当比赛渐入佳境之时，从兰打来的电话那里，柯南得知了威胁电话的事情。柯南为了解读暗号独自一人离开赛场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实……

　　在神秘委托者的招待下，小五郎与柯南一行人来到了横滨。一行人受邀来到一座巨大城堡，没想到却掉入黑影的神秘男子所设下的陷阱。小兰、灰原与少年侦探团，也因此落入敌人手中成为人质。时间限制为12个小时，如果不在时间内解开男子所出的谜题，小兰他们身上的炸弹就会爆炸。 　　“你能了解失去心爱的人，是什么样的心情吗？工藤” 　　这名男子居然知道柯南其实就是工藤新一？！这名男子的真正身份，难道是…… 　　就在同时，“关西的高中生侦探”服部平次的儿时玩伴和叶也被抓走（因为手上有炸弹而受到威胁，并非抓走）成为了人质，白马探也受到委托。这些侦探们将与柯南一同挑战谜题。但是，当柯南他们正努力调查敌人的真面目之时，却同时也面临着一连串的危机。而众人追查已久的怪盗基德，居然也在此刻现身！柯南、平次、基德以及小五郎与其它刑事们，将携手挑战这次的强敌。时间一分一秒地逼近着，当大家就要解开所有的谜题时，却又出现了新的难题。柯南究竟会怎样？？

东京、神奈川、静冈、长野等地发生了六宗的杀人事件，由于现场留下了背面刻有字母的麻将牌，因而被认为是由同一案犯制造的广域连续杀人事件。警视厅联合各县警署召开联合搜查会议，毛利小五郎作为特别顾问而加入。 事件中的有着诸如麻将牌的含义、第六名被害者死前遗言“七夕……今……”的含义、被害者的共同点、每名被害者都有一样物品被拿走等等谜团。 会议结束后，柯南得知山村警官听到了某名警察用手机发送邮件时出现了类似《七之子》的按键声（即黑色组织头目的邮件地址），于是连忙追出，发现那名警察乘坐琴酒的车离去。