小光是一个住在新奥地方的10岁女孩儿。今天是她以新人训练家的身份出去冒险旅行的值得纪念的日子。首先，为了得到最初的神奇宝贝，小光以隔壁城镇的神奇宝贝研究所为目标出发，然而却完全迷了路。 正巧这个时候，研究所里新人用神奇宝贝树苗龟、小火猴、圆企鹅开始打架引起了大骚乱！而且，神奇宝贝们从研究所逃了出来，这下子事态更加严重了！历经风波的小光的启程，究竟会变成怎么样呢！？

王冠市是个水与绿茵、古街道与近代建筑完美调合的城市。为了观看正在这里举办的“神奇宝贝足篮世界杯”，小智一行人向王冠市前进。在途中，他们遇到了一只能够化身其他神奇宝贝或人类、名为“索罗亚”的不可思议的神奇宝贝。 索罗亚还会心电感应，为了帮助同伴，它告诉小智它也要前往王冠市。小智们决定要栛助索罗亚，一起结伴同行。 另一方面，幻之宝可梦雪拉比在相隔20年再度现身王冠市的同时，王冠市却发生了一起奇妙的事件。原本应该是这座城市的守护神－传说的宝可梦雷公、炎帝、水君竟在街道上大搞破坏。 原来这个事件的背后，隠藏著大企业的社长克林克斯·寇泰的邪恶计划。从前，曾经利用雪拉比的神秘力量获得财富与权力的寇泰，为了再度取得这个力量，他故意制造王冠市的混乱，好让雪拉比掉入他的圈套。 而变身为传说的宝可梦引起暴动的，是能够操控幻影的神奇宝贝“索罗亚克”。 然而，索罗亚克竟然是索罗亚正打算前往栛助的同伴！而利用索罗亚克变出的幻影，寇泰则不停地追逐著雪拉比。再这样下去，雪拉比和王冠市真的很危险！小智们将为此展开行动…。 雪拉比拥有的秘密力量是什么呢？雪拉比和王冠市的命运将会如何呢？索……

“破格的世界”…是在这个世界的另一个次元，如镜子般事物皆呈反向的不可思议的世界，同时也是骑拉帝纳栖息的空间。由于帝牙卢卡与帕路奇犽的一场时空之战，让反转世界因此受到影响，为此愤怒的骑拉帝纳开始寻找罪魁祸首的帝牙卢卡，并打算将他拉入反转世界里。 某天，属性为“感谢”的神奇宝贝“洁咪”，突然出现在旅行途中的小智一行人面前。后来，小智一行人与洁咪，准备一起前往葛拉西蒂亚花田，但是在那里等着他们的是对洁咪虎视眈眈的骑拉帝纳、以及操纵著尖端科技的巨型母舰的神秘青年杰洛…。 隐藏在葛拉西蒂亚花中的秘密到底是？被称为神的神奇宝贝们的对战结果又会是！？洁咪的真正的力量又是！？小智一行人是否能阻止杰洛的阴谋，拯救这个世界呢！？最后的高潮，将会是超乎你所想像的“美丽奇迹”！

小智一行人抵达了小光预备参加神奇宝贝华丽大赛的白杨镇，在那里他们认识了驾驶热气球的女子艾莉丝、其青梅竹马东尼欧，以及艾伯特男爵。由于艾伯特男爵认定隐居于城镇庭园中的黑暗神奇宝贝-达克莱伊是近日来破坏城镇的元凶，并准备讨伐它。 然而东尼欧的想法却不同，他侦测到在白杨镇的上方有一股异常的冲击波，而那正是传说中分别掌控时间的帝牙卢卡，与空间的帕路奇犽这两大神奇宝贝在次元之夹缝中大战所造成；而达克莱伊的攻击并是为了让它们远离这座城镇。随着两大神的争斗越来越激烈，终于在白杨镇的名景“时空之塔”的上方产生了空间裂缝，两大神的争斗场所于是转移到了白杨镇。小智他们该如何阻止这场危机？而众人对达克莱伊的误解又会如何化解？激烈的时空对决即将展开！

持续旅行的小智一行人，来到了被丰富自然的河川环绕的城镇米季纳。这个城镇里拥有数千年前的遗迹，小智等人在巨大的岩山上朝遗迹前进。 突然，遗迹附近的湖刮起了水龙卷并向小智等人逼进，就在快被龙卷风卷入时，随着“帝牙卢卡，拜托了！”的声音出现了一名女性。下一刻，撕开空间的帝牙卢卡出现了。 这位名叫“希娜”的女性，是遗迹的守护者，拥有与神奇宝贝心灵相通的能力。在希娜的邀请下，让小智他们使用时空仪来说明有关帝牙卢卡、帕路奇犽、骑拉帝纳的空间，并说起了在米季纳关于被称为诞生一切的幻之神奇宝贝“阿尔宙斯”的古老传说…。