在第三季中，伍迪在金肉丸奖宴会上既是观众又是抢镜王；斯梅德利经营着一个在线约会服务；寒冷威利在训练营中睡过头，但仍然设法获得了晋升；斯普林特和诺特海德认为米妮是个女巫，认为他们很快会变成啄木鸟炖菜，而温妮则开了她的新餐厅！

这只拥有大金喙的滑稽鸟儿回来了，而且比以往更大更搞笑。这个新版本是对沃尔特·兰茨经典角色的新诠释，拥有全新的外观、节奏和态度。与伍迪一起回归的还有他的朋友们：温妮啄木鸟、侄子诺特海德、侄女斯普林特、可爱的寒冷威利以及不那么可爱的巴兹·巴扎德、沃利海象和米妮小姐

2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，找到开启传送门的钥匙，阻止朗格，恢复世界和平。莱昂纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在过去时空与女记者艾普奥尼尔成功接头，并和忍者神龟莱昂纳多、米开朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗汇合，开启了拯救世界的行动。“我们的未来，我们自己做主”，忍者神龟们向朗格发起了终极挑战。