在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……©豆瓣

　　在私立莉莉安女子学院里，有着这样一个制度，新入校的学生要选择一位高年级的学姐，两人结为“姐妹”，在校学习的期间，姐姐将全方位的照顾教导妹妹的生活礼仪。在学院里，山百合会的名字如雷贯耳，作为会长的小笠原祥子（伊藤美纪 配音）、鸟居江利子（生天目仁美 配音）和佐藤圣（封口惠美 配音）三人更是学院里女生们倾慕的对象。她们被称为学院的三朵蔷薇，平日里，她们和她们的妹妹，也就是蔷薇花蕾管理着学生会里的大小事宜。　　平凡的少女福泽佑巳（植田佳奈 配音）在误打误撞中成为了祥子的蔷薇花蕾，同时也肩负起了管理山百合会的重任。在和其他花蕾相处的过程中，又温馨又轻松的校园生活开始了。