【故事接第二季后的完全新作】 北宇治高中吹奏乐部去年顺利地在全日本吹奏乐大赛出场。 升入二年级的黄前久美子，和三年级的加部友惠一起开始负责指导从四月开始新加入的一年级生们。 是进入了全国大赛的学校，自然有很多一年级生入部。其中，有四名新生来到了低音声部。 乍一看似乎毫无问题的久石奏。不融入周围的铃木美玲。想要和美玲做朋友的铃木五月。不提及自身事情的月永求。 Sunrise祭、选拔赛、以及竞演会。以“全国大赛金奖”为目标的吹奏乐部，却接连发生了问题……！？ 北宇治高中吹奏乐部，风波不断的日子开始了！

艾利克斯（张智霖 饰）从小和母亲（叶德娴 饰）相依为命，母亲辛辛苦苦的抚养他长大，最终将艾利克斯培养成为了一名出色的广告制作人，对于儿子的成就，母亲倍感自豪。成年后，艾利克斯娶了名为蓝晓彤（袁咏仪 饰）的妇产科医生，恩爱的两人婚后生活十分幸福。 然而，灾难还是降临了，艾利克斯在意外中受伤，生命垂危，临死之前，艾利克斯终于向蓝晓彤坦白了内心里深藏多年的秘密，原来，他有一个秘密情人小黑（何超仪 饰），并且，小黑的腹中已经怀上了自己的骨肉。艾利克斯希望母亲和妻子能够接纳小黑及其腹中的孩子，这让震惊的蓝晓彤陷入了道德与情感的困境之中。

一款名为Nerve的真人大冒险直播游戏正席卷纽约城，游戏参与者有两个不同的选择，要么当“观众”，要么当“玩家”，观看者付费决定玩家去挑战各种冒险游戏。高中女生Vee（艾玛·罗伯茨 饰）是个平凡无奇的乖乖女，平日最大的乐趣就是“窥视”学校里的男神JP。她的好友正沉迷于这个直播游戏里，为了吸引观看者而作出种种大胆行为。受其影响，平日习惯于当旁观者的Vee，也加入了这个直播游戏，成为了“玩家”。她的第一项冒险，就是亲吻一个陌生人。挑战成功后，她才发现这个陌生人Ian（戴夫·弗兰科 饰）也是游戏玩家之一。他们俩的大冒险直播，从刚开始的好玩刺激，到逐渐走向失控。他们必须携手逃出这场玩命直播……

这是一段连接过去与现在，穿越时空的「第二次初恋」故事。13年前由于父母因事故丧生，小城出身的姐姐茜放弃了和男友慎之介一同去东京，亲自抚养妹妹葵，而葵一直因为这件事对姐姐抱有愧疚。多年后的小城音乐节上，被邀请的著名歌手的伴奏音乐家竟然就是长年没有音信的慎之介。而同时在葵的面前，出现了穿越时空来到现在的18岁的慎之介“慎之”，他又吸引了她的爱慕……不可思议但又令人心碎的四角关系，连接过去与未来，「第二次的初恋」即将开始。

薄雾笼罩的京都，一起攸关日本国家安全的大事件即将发生。一艘疑似装载爆炸物的可疑船只靠近舞鹤湾。通过对船上相关数据和零部件的勘察判明，该船很大可能来自海外。此消息一出，立刻引起全日本上下的恐慌。 就在同一天，江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰以及少年侦探团的各位一同观摩海上自卫队组织的对空作战演习，他们史无前例地登上了宙斯盾舰穗高号，与全国各地聚集来的孩子们一起，被装备了电子武装的高科技宙斯盾舰带来的巨大魄力所震撼。 谁知演习中突发意外，原本虚拟的作战瞬间变成真枪实弹的杀戮。不久，海面上漂浮着的失去左臂的自卫队队员一等海尉笹浦洋介遗体被发现。种种不安与猜测在小兰和少年侦探们的心中蔓延。另一方面，海上自卫队迅速冷静地稳定事态，但始终不能探明敌人的真实身份和他的目标。就在此时，宙斯盾舰上发现了遇害队员的左臂，其配戴的手表指针停止在上午5:30。接二连三的异常事件，迫使大阪府警乘坐直升机赶来，与京都当地的同侪协作展开调查。在此期间，神秘的女性自卫队员藤井七海也登上了宙斯盾舰。

大阪的地标日卖电视台突发爆炸事件！ 那时，里面正在录制“皋月杯”百人一首和歌赛记者会，而突发事件让全场陷入恐慌！ 轰然倒塌的大楼里，唯有西部名侦探服部平次和他的青梅竹马远山和叶被困其中，但在千钧一发之际，柯南将两人救出。 在这如同恐怖行动的事件中，众人既不知道犯人所图为何，犯人也没有主动发表声明，这让柯南与平次非常不解。 混乱之中，柯南一行人遇见了自称是“平次未婚妻”的女性。她的名字是大冈红叶。她说自己是【在小时候就向平次求过婚的命中注定之人】。而且，她还是赢得百人一首和歌赛的高中生组冠军，被称作“未来的女皇”。 与此同时，在京都岚山的日式住宅内，皋月杯的获胜选手惨遭杀害。而那时现场的监视器上显示出来的竟是红叶的身影。在那里，某首“歌谣”正在低沉地萦绕——

怪盗基德再度发出预告信，目标竟然是俄罗斯-罗曼诺夫王朝的皇室秘宝“记忆彩蛋”。柯南与服部联合保护“记忆彩蛋”，但把作案时间推理错误，令基德得逞，但基德于逃走中途被狙击。 自此引出一连串疑问，名侦探柯南，将于大阪解开一连串事件。

小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者都是盗贼团“源氏萤”的成员，毎人都有一个代名，以《义经》内的传统人物命名。 服部亦因此事，前往京都调查杀人事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。

由“黑色”裁决“黑色”—— 德国，加拿大，以及（英国）伦敦。黑衣组织所制造的暗杀案件在世界各地接连发生！ 目标的共同点是？组织的目的是？ 不久，琴酒就将魔爪伸向日本。这场暗杀大戏不过才刚刚开始。 宿命的相遇，突然—— 东都水族馆进行了大规模翻新。为了观赏那里的特色——世界第一个二轮式巨大摩天轮而来到此处的柯南一行人与那里一位受伤的神秘女性相遇。她似乎由于某种原因丧失了记忆。线索只有已损坏的手机。柯南与少年侦探团一起，决定帮助她找回记忆。这时，灰原觉察到了异样。这个女性，是左右眼颜色不同的“双色瞳”的拥有者。

朝仓都知事收到一封神秘的恐吓信，内容为：“对于你那4年执政中桀骜不驯的态度，上天将给予惩罚！”。隔天，由都知事主导开通的新地下铁隧道遭到炸毁。虽然多亏柯南知道恐吓信而使得这次爆破事件没有人员伤亡，但是，夺取都知事性命失败的犯人势必将再次犯案，并带来更大的灾害，调查朝仓都知事历年事政的柯南，察觉到极有可能是在国土交通大臣时代所推动的水坝建设案中，怀有恨意的犯人就在那相关关系人等之中，因此决定进行深度搜查。 因为水库的建造，沉入湖底的新泻县北泽村村民迁移到邻近土地已有5年了，在这5周年纪念的日子里聚集了许多人前来参加。可能如推测，犯人就在那人群之中吗？柯南展开事件调查的同时，巧遇5位在8年前就是儿时玩伴的男女相聚在此地。 纠缠他们的黑暗阴影、忌妒、愤恨，以8年前交通死亡事故为契机，一直到水坝建设后的今。然而就在和交通事故发生的同一天，8年前行经悬崖而坠落失去意识的少年冬马醒了过来，对于交通事故发生当日的记忆，有一点一滴逐渐唤醒的冬马有着迫切的危机。果然，在那群儿时玩伴中又有一人遇害，尸体被寻获了，这黑暗阴影也一步步的逼近少年侦探团。