风和日丽的一天，铃木财团斥巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南和好朋友们受邀前来参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，江户川柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方非常胆大，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。 在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经茱蒂介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人生也彻底跌入了低谷。这一次他以神秘狙击手的身份出现，显然是想向那些毁灭了他人生的人们复仇。狙击事件接连而起，全东京陷入了莫大的恐慌之中。

人称“道爷”的盗墓宗师牛有道，在墓穴中获到一铜镜，却意外穿越到了修真世界。 神秘老人搭救了重回少年的牛有道，并授与其神奇功法。老人临终前将一宝镜交给牛有道，并托付他将其带回自己的宗门。 宝镜隐藏着怎样的秘密？牛有道又将何去何从？ 且看道爷智计百出，逢凶化吉。

出身普通的学霸张静美毕业后，一边面临着择业压力，一边稀里糊涂与霸道不羁的豪门少爷龙一领证结婚，过上了羡煞旁人“王子与公主的幸福生活”。然而，豪门生活和职场之路却没有想象中顺遂，现实的考验接二连三抛给这对新婚燕尔的小夫妻。当豪门少爷远离校园的象牙塔，开始踏进社会，与张静美共同迎接全新的考验时，一个接一个的难题都将等着他们去解答。

毛利兰的朋友富家千金铃木园子说铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，因此特别地珍贵。在得知这一消息后，专偷宝石的怪盗基德寄出了犯案预告函，声称要来夺取这价值连城的皇家艺术之宝。预告函上面用谜语的方式列明了他前来盗取宝物的时间。毛利兰的爸爸毛利小五郎是被誉为“沉睡的小五郎”的名侦探。于是，铃木园子找到毛利兰的爸爸毛利小五郎，希望他能来帮忙阻止怪盗基德犯案。活跃在毛利小五郎身后的江户川柯南随同毛利兰等人一起前来展出会馆。江户川柯南还遇到了大阪有名的高中生侦探服部平次，柯南、服部他们两个人决定一起联手解开怪盗基德的谜语，阻止怪盗基德犯案！

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件。日本警方和FBI探员赤井秀一立即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀对其真实身份产生怀疑。 刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本不会想到随着那名神秘女子记忆的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……

故事以15年前的北大西洋上一件海难作序幕，这宗海难是由一艘在深夜浓雾中航行的货轮引起的。由于未能及时发现航道上有巨大冰山，货轮猛烈撞上冰山后导致引擎室受到重创，整艘船也在不久后彻底沉没。虽然大多数船员顺利获救，但船长与一名船员还是不幸罹难。 而在15年后的东京大都会，大财团的著名设计师在驾车时，突然心脏病发作。连人带车冲向山谷，车子在坠落山谷后起火燃烧，设计师当场气绝身亡。这两宗分别发生于两个不同年代的意外居然是一场惊天大阴谋的序幕。 幕后黑手选择了豪华邮轮“爱芙罗黛蒂号”作为展开阴谋的地点。恰巧江户川柯南、毛利兰、毛利小五郎等人参加了这艘邮轮的首次航行仪式，他们将一步步揭开幕后黑手的阴谋，让真相水落石出。

铃木园子的伯伯铃木次郎吉在一次次败给怪盗基德后仍然心有不甘，他决定再一次向怪盗基德发起挑战。铃木次郎吉斥巨资制造了巨型飞船，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作为赌注，邀请怪盗基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的六小时飞行航程内，完成这项困难的任务。江户川柯南、毛利兰等人也受到了邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来采访。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。然而另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走了一种致命的病毒。 怪盗基德再发挑战书、实验室细菌丢失、恐怖分子袭击，众多危机一触即发！为了保护飞船上的财宝，柯南、服部平次还有警方等共同协作，与盗贼展开头脑作战！

最强战士贝利亚因为渴望力量偷取等离子火花塔而坠入黑暗，走上歧路的贝利亚发起了一场叛乱。最后还是奥特之王亲自出手才平定了这场叛乱，并将贝利亚打进宇宙监狱。多年以后，扎拉布星人拿着终极战斗仪在宇宙监狱救出了贝利亚。重获新生的贝利亚直接杀回光之国，以报当年被封印之仇。一场大战过后，贝利亚夺走了光之国的核心能源，最终导致奥特之星瞬间冻结。只有少数奥特战士得以成功逃离，剩下的奥特战士都被冻结在奥特之星上。 梦比优斯奥特曼等少数逃出的奥特战士，肩负着光复光之国的使命。不过仅靠他们几位奥特战士的力量还不足以对抗邪恶的贝利亚，所以需要更多的力量才行。后来在对抗贝利亚的战斗中，赛文奥特曼陷入危机，其他奥特战士的情况也不容乐观。于是，赛文奥特曼发出了求救的飞镖。 远在他乡修行的赛罗奥特曼，原本正在雷欧奥特曼的指导下，进行高强度训练。结果突然看到自己父亲的头镖飞了过来，在奥特之王的指引，赛罗奥特曼提前结束修行，火速赶往怪兽墓场，支援自己的父亲。

这日柯南、小兰一行人来到米花町市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说作家工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。然而游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。 50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中对案件展开调查。

老马因痛失儿子，对盗猎贼心怀仇恨，一度陷入了复仇的阴暗情绪之中，却逐渐被小谷的热诚和善良打动，最终重拾了希望。而盗猎贼则与老马截然相反，为一己私欲夺取无辜的生命，并为了复仇而一意孤行，最终以悲惨的结局收场。