“这样的时间，若能一直持续下去就好了——。” 结束了与第8张职阶卡片的英灵之间战斗的伊莉雅等人。 为了尽情享受所剩不多的暑假，她们再次进入度假模式。 但，这样的日常，过于轻易地被打破。 在奔向发生异变的圆藏山的伊莉雅等人面前出现的脱离现实的人影。 在突然的交战之后，空间震动。 之后，在震动结束后，伊莉雅醒来所见到的是，隆冬的冬木市——平行世界。 那里是，美游所出生、成长的世界。 将重要的事物，全部守护住——。魔法少女的，实现普通而壮大愿望的战斗现在开幕！

“我啊。已经决定成为樱正义的伙伴了” 少年，不再对真相视而不见。 为了拯救少女，为了贯彻自己选定的正义。 魔术师与英灵争夺万能许愿机“圣杯”的战斗——圣杯战争，已经扭曲不堪。 一个少女——间桐樱随着自己犯下的罪孽堕入了黑暗。 发誓守护樱的少年卫宫士郎与远坂凛合作，为了结束圣杯战争而投身于惨烈的战斗。 伊莉雅丝菲尔·冯·爱因兹贝伦作为知晓此战真相之人，选择直面命运。间桐脏砚则企图利用樱实现自己的夙愿。 “所以，咬紧牙关吧，樱” 少年勇抗强风，挑战命运。他的祈愿究竟能否打动少女。 圣杯战争，即将迎来终局。 最后之战，终于拉开帷幕。