小狼是玖楼国的考古学家，和小樱公主从小便是青梅竹马。多年后，经过挖掘，神秘遗迹渐渐露出。小樱本打算向小狼表白爱意，但当天晚上飞王控制小樱前往遗迹，遗迹因拥有无穷力量的小樱的到来突然发生异样，催动了小樱身上力量的苏醒，使小樱身上长出记忆之翅，并在遗迹中隐没。小狼冲上去抱住小樱。由于小狼的打断，记忆之翅上的羽毛一根根飞散，接着她便昏迷不醒。神官雪兔（玖楼国祭司）得知小樱的“羽毛”已飞散到各式各样的异世界去，那些羽毛是公主的记忆（内心结晶），若不赶快找回部份羽毛，小樱将会有生命 危险。由于情势危急，雪兔决定把两人送到身在不同的次元世界的“异次元的魔女”侑子身边。在日本国，知世公主为了让经常杀戮（虽然只是杀死入侵者及敌人）的忍者黑钢了解“强”的真正意义，便在他身上施咒，不准他再杀戮（如果黑钢随意杀生的话，力量就会减少一点。），又把他送往异世界“异次元的魔女”处，希望他在旅程中了解“强”的真正意义。而在色雷斯国，法伊为了逃离杀死阿修罗王的命运，令阿修罗王沉睡后去了“异次元的魔女”处。小狼交出与小樱的“关系性”（即小樱对小狼的一切记忆，即使“羽毛”全部找回，小樱也想不起与小狼……

幽静的轻井泽，金田和七濑美雪与邀请他们的好友——经营电脑系统公司井泽研太郎会面。井泽的老主顾火祀集团的青龙社长不久前死于列车事故，在他遇难之前，家中用于黑魔法的人偶消失，但事故当天一个断成两截的人偶突然出现，与社长死状如出一辙。井泽怀疑这是一起杀人事件，于是拜托金田一找出真正的凶手。在神秘的黑魔法公馆中，金田一一行见到了社长的养子晓、九曜、星子以及黑魔法师黑瓜鬼门。人人都有嫌疑，人人都有不在场证明，而死亡事件仍在继续……